Control-Freec工具有什么用

這篇文章主要為大家展示了“Control-Freec工具有什么用”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“Control-Freec工具有什么用”這篇文章吧。

Control-Freec 既可以檢測拷貝數變異CNV，還可以分析雜合性缺失LOH。官網如下

http://boevalab.com/FREEC/

在檢測拷貝數變異時，支持全基因組測序，全外顯子測序，目標區域捕獲測序等多種測序方案，對于全基因組數據，分析是不需要提供對照樣本；對于全外顯子測序和目標區域捕獲測序，必須提供對照樣本。

該軟件最新版僅支持Linux和Mac OS兩種操作系統，github 上提供了編譯好的二進制文件，直接下載解壓縮即可。

安裝過程如下

wget -O FREEC-11.4.tar.gz https://github.com/BoevaLab/FREEC/archive/v11.4.tar.gz
tar xzvf FREEC-11.4.tar.gz
cd FREEC-11.4

在FREEC-11.4下有3個目錄：data目錄保存的是配置文件的模板，包含WGS和WES兩套模板；scripts目錄下是一些常用的腳本；src目錄下就是軟件的源代碼，freec可執行文件就位于這個目錄。

使用軟件的第一步，就是編輯配置文件，配置文件中的內容主要包括以下5個部分

1. general

常用配置如下

[general]
chrLenFile = test/hg19.fa.fai
ploidy = 2
breakPointThreshold = .8
#coefficientOfVariation = 0.01
window = 50000
#step=10000
chrFiles = path/hg19/
GCcontentProfile = GC_profile_50kb.cnp

chrLenFile指定參考物種染色體長度的文件，示例如下

1 chr1 247249719
2 chr2 242951149
3 chr3 199501827

共三列，第一列為編號，第二列為染色體名字，第四列為染色體長度。需要注意的是，軟件只會分析在該文件中出現的染色體區域。

ploidy指定參考物種染色體組的個數，通常我們都是分析人的CNV,人是二倍體生物，這個參數的值就是2。

breakPointThreshold官方推薦的取值范圍是0.01到0.08，數值越小，預測到的CNV越多。

freec通過分析某一區域的測序深度來預測CNV, 對于全基因組數據，根據滑動窗口模型進行分析，window參數指定窗口的大小，step指定步長；對于全外顯子數據，計算測序深度時按照exon區域進行計算，所以window設置為0。

當不提供對照樣本時，必須設置chrFiles和GCcontentProfile兩個參數。

chrFiles參數的值為一個目錄，該目錄下時每條染色體的fasta格式的序列。

GCcontentProfile參數的值為一個文件，記錄了染色體上固定窗口區域內的GC含量，可以用gccount軟件生成。示例如下

1 0 0.45896 1
1 50000 0.38424 1
1 100000 0.43834 1

共四列，第一類為染色體名字，第二類為窗口的起始位置，坐標從0開始計算；第三類為窗口內的GC含量，第四列為窗口內的分模糊堿基的比例。

2. sample

常用配置如下

[sample]
mateFile = /path/sample.bam
inputFormat = BAM
mateOrientation = RF

mateFile參數指定待分析樣本的輸入文件，通常都是bam格式的，也支持SAM, pileup等其他格式；inputFormat指定輸入文件的格式;mateOrientation指定測序方向，對于單端測序的數據，對應的值為0；對于illumina 雙端測序的reads, 對應的值為FR。如果輸入的bam文件是排序之后的bam文件，需要將該參數的值設為0。

3. control

常用配置如下

[control]
mateFile = /path/sample.bam
inputFormat = BAM
mateOrientation = RF

設置對照樣本的輸入文件，和sample的設置是一樣的。

4. BAF

常用配置如下

[BAF]
SNPfile = hg19_snp138.vcf

SNPfile指定已知SNP位點的文件，格式為VCF。

5. target

常用配置如下

[target]
captureRegions = testChr19/capture.bed

captureRegions參數的值是bed格式的文件，指定捕獲的目的區域，共3列，第一列染色體名字，第二列和第三列分別為區域的起始和終止位置。

對于沒有control 樣本的實驗設計，實際分析時只需要配置general和sample這兩項就可以了，BAF只有當輸入文件格式為pileup，而且需要計算B allele frequency和genotype時才需要配置,更多配置選項可以參考官方文檔。

編輯好配置文件之后，就可以運行了，命令如下

freec -conf config.txt

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