circos中deogram的示例分析

這篇文章給大家分享的是有關circos中deogram的示例分析的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。

circos 主要用于展示染色體上的相關數據，根據在染色上的位置進行不同方式的可視化。

首先我們需要一個染色體的位置文件。在circos中，染色體的位置保存在一個文件當中，通過karyotype參數進行設置，比如

染色體的位置保存在文件karyotype.human.txt中，部分內容如下：

采用\t分隔，共7列內容。前兩列內容是規定的，都是chr\t-,表示這部分內容是定義染色體相關信息的，第3列是染色體的ID, ID必須是唯一的，用于區分不同的染色體，第四列代表染色體的名字，這個名字會顯示在最終生成的圖片中；第五列和第六列分別代表起始位置和終止位置，這里的長度都是染色體的總長度，最后一列代表的是染色體的顏色，只不過采用了chr前綴來表示顏色，注意不要和染色體的ID和name 搞混淆了。

在circos中，內置了許多的顏色，相關的配置保存在軟件安裝目錄的etc/colors.conf文件中，其中etc/colors.ucsc.conf文件中采用RGB標準，定義了chr的各種顏色值。

從這里也能夠看出，上面的`karyotype.human.txt``文件中，顏色是如何通過最后一列的內容定義的。

染色體的基本參數在ideogram中進行定義。所有的參數可以分成以下3大類別

1. 染色體的位置

2. 染色體的顏色

3. 染色體的標簽

染色體的位置

circos提供了一個圓形的整體布局，用于展示染色體的數據，每條染色體可以看做圓上的一段弧。通過染色體到圓心的距離來定義染色體的位置。具體的就是通過radius參數進行定義。

在circos中，關于這個參數的值，提供了兩種定義的方式；

1. 絕對值定義
   絕對值的是通過像素定義，對應的后綴為p,代表pixels。比如radius  = 1000p

2. 相對值定義
   相對值對應的后綴為r,代表relative的意思。在etc/image.generic.conf文件中，定義了參照的radius

radius of inscribed circle in image
radius         = 1500p

所以我們在配置文件中定義的radius  = 0.80r， 實際等于0.8 * 1500 = 1200 像素。

染色體之間的間距通過spacing 這個block 進行定義，default參數設置所有染色體之間的默認距離

如果你希望改變某兩條染色體之間的距離，可以通過pairwise這個block, 用法如下

通過染色體的ID 指定具體的兩條染色體，之間用;分隔，然后通過spacing參數進行定義它們之間的距離。

需要注意的是，這里采用的相對值的定義方法，上面例子中的 20r代表的是相對default是20倍的距離，所以使用相對值時，一定要理解相對的參照是哪一個。

染色體的顏色

通過thickness定義染色體的寬度，單位和radius類似，有r和p兩種，通常情況下我們使用p,更加方便。比如thickness = 20p。

對于染色體的顯示，有以下兩種方式

1. 線段模式
   這個模式是默認模式。在該模式下，染色體就當做一條線段，顏色采用karyotype中的最后一列。

2. 矩形模式
   在該模式下，每條染色體被當做一個可以填充的矩形，所以會有邊框和填充兩部分構成。

stroke_thickness 和 stroke_color 定義邊框寬度和顏色。如果希望有填充色，需要設置fill=yes, 此時會用karyotype中的最后一列定義的顏色填充這個矩形。

染色體的標簽

在karyotype中，我們定義了染色體的名字，也叫做label, 關于label 有對應的一系列參數，調整它的顯示。

默認情況下，這個名字并不會顯示在圖上；可以通過show_label進行顯示，比如show_label = yes。

label 通過文字的形式展現在圖上，label_font設置字體，label_radius設置位置，label_size設置大小， label_parallel設置label的方向，yes代表和染色體方向平行，no代表和染色體方向垂直。

一個完整的ideogram例子如下：

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