circos中histograms有什么用

這篇文章主要介紹了circos中histograms有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

histograms可以看做是line plot的一個變種，首先來看一個示例

圖中最內圈的就是historgams了，可以看到由許多個柱子組成，每個柱子都是file中定義的一個區域，柱子的高度由這個區域的value決定。所有的柱子共有兩個方向，一部分朝內，另外一部分朝外。

這個圖片對應的數據如下：

可以看到value的值有正有負，當同時包括了正負數時，所有正數的柱子是一個方向，負數的柱子是另外一個方向。以上這些都是默認行為。

下面看一個最基本的配置文件的例子

r0, r1, max和min這些屬性在之前的文章中已經詳細解釋過，今天主要看下histogram獨有的幾個參數

1. extend_bin

每個bin的區間是在file文件中事先定義好的， extend_bin控制是否把相鄰的bin連接起來, 比如對于下面這個數據

可以看到這3個區間是有一定間隔的，默認情況下，在圖上對應的bin肯定是不連續的；當設置了extend_bin = yes之后，會將這3個bin連在一起。

具體的做法就是延伸file中定義好的區間，比如前2個bin之間有間隔，取這個間隔的中間點的位置，作為第一個bin的終止位置，第2個bin的起始位置，這樣兩個bin就連接起來了。

看一個案例

圖中的兩個histogram基于相同的數據，當extend_bin = no時，按照file中定義的區間來畫，可以看到區間并不是連續的；當extend_bin = yes時，所有的bin都變成連續的了。

改變了file文件中定義的區間，通常情況下， 不太推薦使用extend_bin = yes。

2. 顏色相關的屬性

histogram中，和顏色相關的共有以下4個屬性

1. color
   線條的顏色

2. fill_color
   bin的填充色

3. background_color
   bin的背景色

4. fill_under
   當fill_under = yes 時，background_color作為bin的填充色，fill_color作為線條的顏色，會覆蓋color定義的值

另外一個需要掌握的就是定義多種顏色的技巧，以最常用的fille_color為例，主要有兩種方式：

1. 設置多個條件

根據某個閾值將value劃分成不同的部分，每個部分通過rule定義不同的填充色

2. 設置一個條件

condition = 1表示這個rule一直發揮作用，類似編程中的while(1), 永遠為真。這里的fill_color的值通過一個表達式來定義。

remap_int函數根據value在區間[-1, 1]的位置, 映射到[1,9]區間中，生成一個1到0之間的整數，然后通過sprintf函數定義顏色為spectral-9-div調色板中的一個顏色。

spectral-9-div這個調色板是在/etc/brewer.all.conf文件中定義的

在該文件中，還定義了其他顏色的調色板，中間的數字代表了調色板中的顏色總數，可以根據需要選擇合適的調色板。

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