iMETHYL數據庫有什么用

這篇文章主要介紹iMETHYL數據庫有什么用，文中介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

在NGS飛速發展的時代，有大量研究通過GSWA的方法，闡述了SNP于疾病之間的關聯; 也有學者利用WGBS，RRBS, 甲基化芯片等方式研究DNA甲基化與疾病之間的關系。不過是對于SNP和DNA甲基化，都有許多獨立的數據庫存儲和整理相關信息，但是卻缺乏公開的整合了SNP和DNA甲基化等多組學數據的數據庫。

從近100名志愿者中提取3種類型的細胞，并分別進行WGS, WGBS, RNA_seq測序分析，將最終的數據存儲到iMETHYL 數據庫中。iMETHYL整合了SNP, DNA甲基化和RNA表達譜的數據，并進行了兩兩之間的關聯分析。

網址如下：

http://imethyl.iwate-megabank.org/index.html

在STATISTICS頁面，提供了兩個基本信息。

3種組學數據的分布

可以看到志愿者的性別，年齡的基本情況，以及DNA甲基化，基因表達和SNV的匯總信息。

在上面這個表格中，常染色體的CpG個數值得注意，個數為23M 左右， 而甲基化芯片為450K或者850K, 可以明顯看到WGBS相對甲基化芯片的優勢。

CpG位點在各染色體的分布

這里只給出了常染色體上的分布，可以看到1號染色體上的CpG位點是最多的

在HOME頁面，提供了3種檢索方式

1. Gene Symbol

2. dbSNP rsID

3. chr Position

檢索的結果通過基因組瀏覽器進行展示：

看下DNA甲基化，轉錄組數據和SNV數據在基因組瀏覽器中的展示方式。
IMM:3 cell-types用于顯示每個細胞系甲基化，基因表達量和SNV的結果

RNA_seq的數據，通過FPKM進行展示，在基因組瀏覽器中會給出每種細胞，檢測到的轉錄本

SNV的結果采用點來展示，每個|代表一個SNV位點

鼠標懸停之后，可以看到對應的rs編號和堿基的突變情況

甲基化位點的展示方式和SNV類似

對于3種組學的數據，imethy還通過QTL分析兩兩之間的關聯。

基因型和基因表達譜之間的關聯分析通過cis-eQTL來實現; DNA甲基化和基因表達譜之間的關聯分析通過cis-eQTM來實現，DNA甲基化與基因型之間的關聯分析通過cis-mQTL來實現。

eQTL和mQTL都是列出于該基因相關聯的SNP位點，eQTM列出與基因相關聯的甲基化位點。

iMETHYL數據庫代表的是一種趨勢，多組學數據整合分析的趨勢。隨著測序成本降低和分析技術的成熟，單組學的數據大量涌現，但是生命活動這么復雜的事件，其影響因素必然是多個方面的。多組學數據的整合分析允許我們多方位，更全面，更深入的進行研究和探索，必然是一個趨勢。

這個數據庫也給我們做了一個示例，DNA甲基化可以與轉錄組，基因組SNV的數據進行聯合分析，分析的具體方法可以參考和借鑒該數據庫，使我們的研究結果更加的豐富。

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