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R語言中如何進行GO注釋和富集分析，針對這個問題，這篇文章詳細介紹了相對應的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。
GO注釋和富集分析使用TBtools完成
小編使用的數據是甜櫻桃葉綠體蛋白編碼基因做GO注釋，然后挑部分基因做富集分析，挑選的基因是
rpoC1
rpoB
rpoA
rpoC2
atpI
atpF
atpE
atpH
atpB
atpA
accD
rbcL
rpl22
rpl23
rpl20
rps8
rps7
rps16
rps15
rps14
rps18
做完富集分析得到文件GOenrichmentOutput.txt..GO.Enrichment.final.xls
根據GOplot包的示例數據挑選出其中的5列
Class GO_Name GO_ID GenesOfSelectedSetInGOterm corrected p-value(BH method)
作為數據集1
數據集2包括
ID,logFC,AveExpr,t,P.Value,adj.P.Val,B
數據集2的列變量應該都是轉錄組數據分析的結果
比如logFC應該是倍數變化Fold change 然后取log
AveExpr應該是平均表達量等
然后模仿幫助文檔的例子構造數據集
help(package="GOplot")
library(GOplot)
data(EC)
file1<-file.choose()
file2<-file.choose()
df1<-read.table(file1,sep="\t",header=T)
df2<-read.csv(file2,header=T)
colnames(df1)<-colnames(EC$david)
df<-circle_dat(df1,df2)
dim(df)
df
氣泡圖
GOBubble(df)
加一些參數的氣泡圖
GOBubble(df,table.legend = F,table.col = T,ID=T,
display = "multiple")+
scale_x_continuous(limits=c(0,5))+
scale_y_continuous(limits = c(0,10))
弦圖
pdf("chordpra.pdf",height=15,width = 15)
chord<-chord_dat(df,sample(df$genes,6),sample(df$term,8))
GOChord(chord)
dev.off()
現在基本可以根據自己的數據來構造GOplot的輸入文件
關于R語言中如何進行GO注釋和富集分析問題的解答就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關注億速云行業資訊頻道了解更多相關知識。
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