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比BLAST快的多的蛋白序列比對工具RAPSearch2是怎樣的，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細講解，有這方面需求的人可以來學習下，希望你能有所收獲。
下面介紹一個軟件，2012年發表在Bioinformatics上，目前引用接近300次。
我是在一篇數據庫文獻里看到了這個工具。
BLAST是非常經典的比對算法，后來出現的BLAT速度能比BLAST快100倍，但是對于非常相似的序列比對，結果會丟失一部分(>20%)相似性較低的結果。RAPSearch是用于短蛋白序列相似性比對的工具，速度比BLAST快~20-90倍。但是內存占用比較大。RAPSearch結果丟失的比例<5%。
作者再次基礎上又推出了RAPSearch3，內存占用較小，且速度比之前又快了2~3倍。單線程運算需要2G內存，4線程運算需要3.5G內存。
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