Blast比對軟件怎么用

這篇文章主要介紹“Blast比對軟件怎么用”，在日常操作中，相信很多人在Blast比對軟件怎么用問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”Blast比對軟件怎么用”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！

Blast比對軟件大概是是短序列局部比對軟件中最常用的一個了，但是其參數眾多，一些參數一直沒好好仔細研究過，如下： #### 增加blast比對結果信息

blast的-outfmt參數，使blastp -help即可查看每個輸出格式的信息，如下所示：

*** Formatting options
 -outfmt <String>
   alignment view options:
     0 = Pairwise,
     1 = Query-anchored showing identities,
     2 = Query-anchored no identities,
     3 = Flat query-anchored showing identities,
     4 = Flat query-anchored no identities,
     5 = BLAST XML,
     6 = Tabular,
     7 = Tabular with comment lines,
     8 = Seqalign (Text ASN.1),
     9 = Seqalign (Binary ASN.1),
    10 = Comma-separated values,
    11 = BLAST archive (ASN.1),
    12 = Seqalign (JSON),
    13 = Multiple-file BLAST JSON,
    14 = Multiple-file BLAST XML2,
    15 = Single-file BLAST JSON,
    16 = Single-file BLAST XML2,
    18 = Organism Report

   Options 6, 7 and 10 can be additionally configured to produce
   a custom format specified by space delimited format specifiers.
   The supported format specifiers are:
        qseqid means Query Seq-id
           qgi means Query GI
          qacc means Query accesion
       qaccver means Query accesion.version
          qlen means Query sequence length
        sseqid means Subject Seq-id
     sallseqid means All subject Seq-id(s), separated by a ';'
           sgi means Subject GI
        sallgi means All subject GIs
          sacc means Subject accession
       saccver means Subject accession.version
       sallacc means All subject accessions
          slen means Subject sequence length
        qstart means Start of alignment in query
          qend means End of alignment in query
        sstart means Start of alignment in subject
          send means End of alignment in subject
          qseq means Aligned part of query sequence
          sseq means Aligned part of subject sequence
        evalue means Expect value
      bitscore means Bit score
         score means Raw score
        length means Alignment length
        pident means Percentage of identical matches
        nident means Number of identical matches
      mismatch means Number of mismatches
      positive means Number of positive-scoring matches
       gapopen means Number of gap openings
          gaps means Total number of gaps
          ppos means Percentage of positive-scoring matches
        frames means Query and subject frames separated by a '/'
        qframe means Query frame
        sframe means Subject frame
          btop means Blast traceback operations (BTOP)
        staxid means Subject Taxonomy ID
      ssciname means Subject Scientific Name
      scomname means Subject Common Name
    sblastname means Subject Blast Name
     sskingdom means Subject Super Kingdom
       staxids means unique Subject Taxonomy ID(s), separated by a ';'
             (in numerical order)
     sscinames means unique Subject Scientific Name(s), separated by a ';'
     scomnames means unique Subject Common Name(s), separated by a ';'
    sblastnames means unique Subject Blast Name(s), separated by a ';'
             (in alphabetical order)
    sskingdoms means unique Subject Super Kingdom(s), separated by a ';'
             (in alphabetical order) 
        stitle means Subject Title
    salltitles means All Subject Title(s), separated by a '<>'
       sstrand means Subject Strand
         qcovs means Query Coverage Per Subject
       qcovhsp means Query Coverage Per HSP
        qcovus means Query Coverage Per Unique Subject (blastn only)

其實我們一般常用的就是-outfmt 5或者-outfmt 6，前者輸出XML格式，后者輸出TAB分割格式；前者信息比較全，用處也相對比較廣，而后者則是平時最為常用的格式（也是一些軟件喜歡調用的格式）

TAB格式每列信息如下（可以對照上面的說明理解一下）：

qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore

但我們有時想要的并不止上述12列信息，比如我還想知道比對結果的覆蓋度信息（qcovs：Query Coverage Per Subject）

其實只要在blast比對命令中先事先加上需要增加的列ID即可，如在outfmt 6基礎上加上覆蓋度信息：

    -outfmt "6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs"

注：需要幾列就一直往上加即可，空格分割

到此，關于“Blast比對軟件怎么用”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續學習更多相關知識，請繼續關注億速云網站，小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章！