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小編給大家分享一下Pacbio三代全長轉錄組如何進行轉錄本的合并，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！
Pacbio三代全長轉錄組(Iso-Seq ) 進行轉錄本的合并
三代轉錄組，當多個樣本進行常規的分析之后需要將多個樣品中的轉錄本合并成一套unigene, 這個可以采用Cupcake 中的“chain_samples.py” 這個腳本來分析。
該腳本的運行命令如下：
usage: chain_samples.py [-h] [--fuzzy_junction FUZZY_JUNCTION]
[--allow_5merge]
config_file
{norm_fl,norm_nfl,norm_nfl_amb,count_fl,count_nfl,count_nfl_amb}輸入文件需要一個配置文件即可。
1. 制備配置文件
該腳本的運行需要配置文件,配置文件的格式非常的重要，如下（# 是注釋，請忽略）：
# sample name 是不同樣本的名稱 # path 是不同樣本進行isoforms collapse分析的目錄 # prefix 是文件的前綴，需要保持在不同樣品的分析目錄中一致 SAMPLE=<sample name>;<path> SAMPLE=<sample name>;<path> GROUP_FILENAME=<prefix>.group.txt GFF_FILENAME=<prefix>.gff COUNT_FILENAME=<prefix>.count.txt FASTQ_FILENAME=<prefix>.rep.fastq
2. 參數選項
--fuzzy_junction FUZZY_JUNCTION ： 這個是設置鏈接點處的允許不同堿基的最大數量
--allow_5merge： 這個是設置，是否允許對5'不一致的轉錄本進行截斷
以上是“Pacbio三代全長轉錄組如何進行轉錄本的合并”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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