溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
今天就跟大家聊聊有關單細胞轉錄組中的pseudotime是什么，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結了以下內容，希望大家根據這篇文章可以有所收獲。
對于單細胞轉錄組數據，通過聚類分析，我們可以得到細胞亞型，再通過差異分析，可以得到不同細胞亞型的marker基因，結合下游的功能分析，可以讓我們對細胞類型和功能有更進一步的認識。
以上這些就是單細胞轉錄組的基礎分析內容，對于識別到的細胞亞型，我們可以進一步研究不同亞型之間的分化和演變的過程。在生物體內，細胞的分化是一個動態過程，會受到到細胞間相互作用，生物分子調控等多種因素的影響，而且每個細胞分化的過程是不同步的，如果將細胞的分化看做一個爬樓梯的過程，同一時間，每個細胞所處的樓層是不同的。
將細胞分化過程看做一條時間線，研究確定每個細胞在該時間線上的位置，就是所謂的pseudotime分析，也稱之擬時分析，或者細胞軌跡cell trajectory分析。
通過測序我們得到了基因在不同細胞中的表達量數據，后續也是基于表達量的數據去進行擬時分析，通常包含以下3個步驟
基因的選取對于后續分析是非常關鍵的，不同的基因集會得到完全不同的結果。從定量結果中，可以看到許多基因表達量非常的低，這其中有一部分就是背景噪音，在后續分析時是需要去除的，另外，為了提高分析結果的準確性，我們需要選擇有生物學意義的基因，比如marker基因來進行后續的分析。
基因的表達量是一個高維的數據結構，直接基于這樣的數據去分析是非常復雜和繁瑣的，運算量非常的大，所以需要先降維處理。
細胞分化過程和物種進化類似，都是一個樹狀結構，首先根據表達量的分布構建一個最佳的樹狀結構，然后確定每個細胞在該樹狀結構中的位置。
典型的擬時分析的結果示意如下
用一張2D-plot來展示細胞軌跡，所以在分過程中需要降維，圖中每個點代表一個細胞，細胞后面的樹狀結構就是細胞分化的樹狀結構。
得到了細胞的pseudotime之后，我們可以根據pseudotime來進行差異分析，探索細胞分化過程中的重要基因，示意如下
最后可以結合功能富集分析和基因相互作用分析，來挖掘重要的功能基因。
看完上述內容，你們對單細胞轉錄組中的pseudotime是什么有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關內容，請關注億速云行業資訊頻道，感謝大家的支持。
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
