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這篇文章主要為大家展示了“Pacbio三代全長轉錄組如何進行轉錄本與基因組的比對”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“Pacbio三代全長轉錄組如何進行轉錄本與基因組的比對”這篇文章吧。
Pacbio三代全長轉錄組進行數據分析，得到的轉錄本，可以同基因組進行比對（如果有基因組的話），比對的軟件很多，推薦采用GMAP。
其使用方法如下：
gmap -D /share/nas1/zhangqx/testing/pacbio/ref/gmap -d ipoBat4 -f samse -n 0 -t 16 --cross-species --max-intronlength-ends 200000 -z sense_force hq.fastq > hq_isoforms.fasta.sam 2> hq_isoforms.fasta.sam.log
常用參數說明如下：
-D : 指定參考基因組的gmap 建庫目錄
-d : 指定gmap 建庫中的名稱
-f : 指定輸出文件的格式
-n: 輸出結果中允許path 最多的數目
-t : 線程數量
--cross-species：以更加靈敏的算法進行可剪切比對，特別適合在物種間比對
--max-intronlength-ends： 第一個和最后一個內含子的最大間距
-z： 指定轉錄本的方向
以上是“Pacbio三代全長轉錄組如何進行轉錄本與基因組的比對”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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