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小編給大家分享一下vcftools如何去除或保留vcf文件中的樣品，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！
vcftools去除或保留vcf文件中的樣品
vcftools可以去除或保留vcf文件中的樣品，用到的選項為 --indv 和 --remove-indv ，指定要從vcf文件中保留或刪除的樣品。 可以多次使用此選項來指定多個樣品。
只保留1和10號兩個樣品，執行以下代碼：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1 --indv 10 > out.vcf
刪除1號樣品，執行以下代碼：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove-indv 1 > out.vcf
如果樣品較多，也可將樣品保存到文件 id.txt 中，每行為一個樣品ID，格式如下：
1 105
然后使用下面兩個選項對vcf文件保留或者刪除樣品。
--keep <filename> 保留樣品
--remove <filename> 刪除樣品
代碼如下：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf
以上是“vcftools如何去除或保留vcf文件中的樣品”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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