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tabix中怎么操作VCF文件，針對這個問題，這篇文章詳細介紹了相對應的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。
安裝過程如下
wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2 tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2 cd tabix-0.2.6/ make
下載源代碼，解壓縮之后，編譯即可。編譯成功之后，會有兩個可執行文件tabix和bgzip。
由于SNP位點數量巨大，對應VCF文件也非常的大，為例節省存儲空間，最常見的做法就是壓縮。bgzip 可以壓縮VCF文件，用法如下
bgzip view.vcf
壓縮之后，原本的view.vcf文件就變成了view.vcf.gz文件。壓縮后綴為.gz, 如果想要解壓縮，有以下兩種用法
bgzip -d view.vcf.gz gunzip view.vcf.gz
bgzip的壓縮算法和gzip壓縮算法有著相似之處，所以對于bgzip壓縮的文件，解壓縮時除了可以使用bgzip軟件本身，還可以使用gunzip進行解壓縮。
需要注意的是，兩種算法雖然有相似之處，但是還是有本質區別的，在對VCF文件壓縮時，不可以使用gzip來代替bgzip。
對于大型的VCF文件而言，如何快速訪問其中的記錄也是個難點。tabix可以對VCF文件構建索引，索引構建好之后，訪問速度會快很多。tabix對VCF文件建立索引的用法如下
tabix -p vcf view.vcf.gz
注意輸入的VCF文件必須是使用bgzip壓縮之后的VCF文件，生成的索引文件為view.vcf.gz.tbi, 后綴為.tbi。
構建好索引之后，可以快速的獲取指定區域的記錄，示例如下
tabix view.vcf.gz 11
tabix view.vcf.gz 11:2343545
tabix view.vcf.gz 11:2343540-2343596
關于tabix中怎么操作VCF文件問題的解答就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關注億速云行業資訊頻道了解更多相關知識。
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