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怎么用R語言的vegan包計算物種累計曲線

發布時間:2022-03-21 10:42:50 來源:億速云 閱讀:430 作者:iii 欄目:開發技術

本篇內容主要講解“怎么用R語言的vegan包計算物種累計曲線”,感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷,實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“怎么用R語言的vegan包計算物種累計曲線”吧!

R語言 vegan包計算物種累計曲線

vegan 包是進行群落數據分析最常用的R包,其中的 specaccum 函數用來計算物種的累計曲線。

輸入數據,otutable:列表示不同的物種,行表示不同的采樣點,中間的數字代表物種豐度:

示例代碼:
require(vegan)
otu <- read.table("otu_table.txt", header = T,
                       sep = "\t",row.names=1)
all <- specaccum(otu, method = "random")  
png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300)
plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0,
    ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples",
    ylab = "Number of  species")
boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = "+")
dev.off()

最終的物種累計曲線中,橫坐標是樣本個數,縱坐標是發現的物種個數,隨著樣本個數的增加,發現的物種個數也不斷增加;物種累計曲線反應的就是抽樣個數對物種多樣性的影響;如果曲線末端部分呈現 急劇上升的趨勢,表明抽樣量不足;增加樣本量,還能繼續發現新的物種;當曲線末端上升趨勢趨于平緩時,則表明采樣量足夠。

到此,相信大家對“怎么用R語言的vegan包計算物種累計曲線”有了更深的了解,不妨來實際操作一番吧!這里是億速云網站,更多相關內容可以進入相關頻道進行查詢,關注我們,繼續學習!

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