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GATK Hard-filter過濾變異結果實例分析

發布時間:2022-03-19 10:00:17 來源:億速云 閱讀:358 作者:iii 欄目:開發技術

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Hard-filter閾值探究

GATK4官網給出的推薦閾值:For SNPs:

QD < 2.0
MQ < 40.0
FS > 60.0
SOR > 3.0
MQRankSum < -12.5
ReadPosRankSum < -8.0

 For indels:

QD < 2.0
ReadPosRankSum < -20.0
InbreedingCoeff < -0.8
FS > 200.0
SOR > 10.0

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