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這篇文章主要講解了“如何使用GREAT對peak進行功能注釋”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“如何使用GREAT對peak進行功能注釋”吧！
GREAT是一款peak區間進行基因注釋的工具，除了給出peak對應的基因外，還集成了多種基因的功能分析，網址如下
http://great.stanford.edu/public/html/index.php
目前該在線工具只支持以下幾個物種
Human
Mouse
Zebrafish
在使用時，還需要注意對應的基因組版本。用法比較簡單，選擇對應的基因組版本，然后上傳對應的BED格式的peak文件即可，示意如下
結果展示如下，給出了peak關聯基因的個數和TSS距離的頻數分布柱狀圖
除此之外，還給出以下多種基因的功能分析
GO Molecular Function
GO Biological Process
GO Cellular Component
Mouse Phenotype
Human Phenotype
Disease Ontology
MsigDB Cancer neighborhood
Placenta Disorders
PANTHER Pathway
BioCyc Pathway
MsigDB Pathway
MGI Expression
MgisDB Perturbation
不同于傳統的費舍爾精確檢驗，功能富集分析的p值是基于二項分布的計算得到的，計算過程如下所示
以GO中MF這一類別的功能注釋為例，示意如下
通過GREAT可以方便的對peak關聯的基因功能進行探究。
感謝各位的閱讀，以上就是“如何使用GREAT對peak進行功能注釋”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對如何使用GREAT對peak進行功能注釋這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！
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