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這篇文章主要介紹了在chip_seq數據分析中peak注釋信息的示例分析，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
在chip_seq數據分析中，peak calling是核心，得到peak區間之后，我們首先需要對peak進行注釋。所謂的注釋其實是一個比較寬泛的概念，其中包含了以下多種類型的注釋信息
profile是一個生信分析中的高頻詞匯，在不同組學數據中有不同的含義，在這里代表的是peak區域的reads在基因組上的分布。最基礎的注釋內容就是查看peak區域的reads在各個染色體上的分布，示意如下
enrichment代表的是富集，這里的富集是針對某個特征位點而言的，比如最常見的在轉錄起始位點兩側peak reads的分布圖，示意如下
折線圖反映的是所有轉錄本上peak區域reads的分布情況，為了將所有轉錄本用一個值來表示，通常會取均值。對應的還有一種熱圖的展示方式，每一行代表一個轉錄本，示意如下
除了TSS這種單個位點的分布外，還可以展示整個基因組上的分布，示意如下
這種注釋主要分析peak區間與基因組各種區間的overlap情況，比如5’UTR,3’UTR, exon等區域，然后繪制餅圖或者柱狀圖，示意如下
根據注釋文件的不同，劃分的基因組區域也有所變化。
這部分注釋主要分析peak區間與基因的關系，可以細分為overlap gene和nearest non-ovlap gene兩種。第一種分析確定peak區間位于哪些基因的區域，示意如下
第二種分析peak上下游最近的區間沒有交集的基因，示意如下
之所以做基因注釋，是為了探究轉錄因子或者組蛋白修飾的靶基因，目前對于靶基因的篩選策略并沒有統一的說法，以上兩種注釋篩選出來的基因都可以作為候選的靶基因，然后進行后續的GO/KEGG等功能富集分析。
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“在chip_seq數據分析中peak注釋信息的示例分析”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
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