FastTree軟件有什么用

這篇文章將為大家詳細講解有關FastTree軟件有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

FastTree 是基于最大似然法構建進化樹的軟件，它最大的特點就是運行速度快，支持幾百萬條序列的建樹任務。官方的說法是，對于大的比對數據集，FastTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。官網如下

http://www.microbesonline.org/fasttree/

FastTree 支持核酸和蛋白的進化樹構建，對于核酸，可選的替換模型包括以下幾種

1. JC

2. GTR

   
   

默認的模型為JC。

對于蛋白質，可選的替換模型包括以下幾種

1. JTT

2. LG

3. WAG

   
   

默認的模型為JTT。

利用不同的測試數據集，比較了fastTree 不同替換模型和RAxML, PhyML 運行速度的差異。結果如下

對于蛋白序列而言，FastTree 的運行速度比其他兩款軟件快了1000多倍，而且對于幾萬條序列的比對，其他兩款軟件的運行時間太久，超過了可以忍受的范圍；對于核酸序列而言，默認的JC模型的速度最快， GTR模型速度少稍差一籌，其他兩款軟件同樣運行速度慢的不行。

FastTree 除了運行速度快之外，準確度也令人滿意，比較的結果如下

對于幾萬條的核酸序列，只有FastTree, NJ， Clearcut 這3個軟件有結果，而FastTree 的準確度是最高的，從此可以看出，對于幾萬條核酸序列的進化樹分析，FastTree 是最佳選擇之一；對于蛋白序列，在可以運行出結果的前提下，FastTree 的準確度相比RAxML， PhyML 都稍差一點。

綜合運行速度和建樹的準確性，FastTree 都是最佳的進化樹構建軟件之一。
我們可以直接從官網下載可執行文件

FastTree要求輸入的多序列比對結果為FASTA或者Phylip格式，對于蛋白質的進化樹構建，基本用法如下

FastTree protein.fasta > tree

也可以選擇LG或者WAG替換模型，用法如下

FastTree -lg protein.fasta > tree
FastTree -wag protein.fasta > tree

對于核酸序列，基本用法如下

FastTree -nt nucleotide.fasta > tree

也可以選擇GTR替換模型，用法如下

FastTree -nt  -gtr nucleotide.fasta > tree

默認生成的tree 文件是 Newick格式， 可以導入 figTree 或者 TreeViewer等軟件中進行查看。

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