HLAreporter軟件有什么用

這篇文章主要為大家展示了“HLAreporter軟件有什么用”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“HLAreporter軟件有什么用”這篇文章吧。

在前面的文章中，我們詳細介紹了HLA Allel的命名格式，示意圖如下

從示意圖可以看出，一個HLA Allel 可以分成四個字段，在加上最后的修飾后綴，共5個字段；在定義HLA 分型結果的分辨率時，會根據分型結果的最大位數來判斷，如果只給出了字段一，即血清學分類的信息，代表是2位的分型結果；如果最多給出了字段二，即對應的蛋白信息，代表是4位的分型結果；如果最多給出了字段三，即CDS區信息，代表是8位的分型結果；如果分型結果給出了最后的后綴，代表是9位的分型結果。

HLA分型的技術手段很多，比如芯片，高通量測序等；不同手段識別到的HLA Allel 分辨率不同，如果只能給出2位的分型結果，則屬于低分辨率；如果給出4位分型結果，屬于中分辨率；能夠給出8位或以上分型結果，屬于高分辨率。

本篇文章主要介紹HLA  reporter 軟件，該軟件可以利用高通量測序的結果進行HLA 分型。其分型結果分辨率高，最多可到9位。下圖是該軟件與其他同類軟件的比較結果

可以看到，在測試樣本中，HLAreporter 軟件分型結果由于HLAminer 的結果。該截圖來自于官方文獻，鏈接如下

https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-015-0145-3

軟件的官網如下

http://paed.hku.hk/genome/software.html

安裝過程如下

wget http://paed.hku.hk/genome/software/HLAreporter.zip
unzip HLAreporter.zip
cd HLAreporter.v103

HLAreporter.sh就是該軟件的運行腳本。其原理如下

由于HLA的多態性，直接比對reads到參考基因組是不行的 ，HLAreporter 設計了一個CRP(comprehensive reference panel)參考基因組 , CRP 構建時參考了IMGT/HLA 數據庫中已知的HLA  Allel信息，通過bwa將reads與CRP比對，提取比對到某個HLA基因的reads,然后進行組裝，將組裝的contig與數據庫比較，確定最終的Allel。

該軟件的用法如下

bash HLAreporter.sh test HLA_B test.R1.fq test.R2.fq

第一個參數test代表樣本名稱；第二個參數代表檢測的HLA基因，第三個和第四個參數代表雙端測序的fastq序列。

整個pipeline 分成了3個部分

1. bwa 比對 CRP 數據庫

當你提供了原始的fastq 數據時，會自動調用4digit_map_HLA.sh腳本進行比對
該腳本核心內容如下

bwa aln exon23_high_resolution_multi_ref.fa $1 > $3_1_exon23_high_resolution_multi_ref.sai
bwa aln exon23_high_resolution_multi_ref.fa $2 > $3_2_exon23_high_resolution_multi_ref.sai
bwa sampe exon23_high_resolution_multi_ref.fa $3_1_exon23_high_resolution_multi_ref.sai $3_2_exon23_high_resolution_multi_ref.sai $1 $2 > $3_exon23_high_resolution_multi_ref.sam
samtools view -bS $3_exon23_high_resolution_multi_ref.sam > $3_exon23_high_resolution_multi_ref.bam
samtools view -b -F 4 $3_exon23_high_resolution_multi_ref.bam > $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads.bam
samtools sort $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads.bam $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads_sorted
samtools index $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads_sorted.bam

$1和$2分別對應雙端測序的R1和R2端reads, $3表示樣本名稱，通過調用bwa sampe，將原始的雙端reads與exon23_high_resolution_multi_ref.fa比對，生成exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads_sorted.bam 文件。

2. 識別HLA Allel

對于HLA-A , HLA-B, HLA-C 這三個I型基因而言，調用4digit_predict_classI_ssake.sh腳本；對于HLA II 型基因，調用4digit_predict_classII_main.sh腳本。

3. 給出Allel 在不同人群中的頻率

利用ANFD數據庫中的信息，給出每個Allel在不同人群中的頻率，通過腳本HLAfreq.sh實現。

最終輸出結果保存在results目錄下，示意如下

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HLAreporter version 1.03
Report created
Fri Apr 17 11:24:24 HKT 2015
------------------------------------------------------------------
Allele
    DRB1*01:01:01G
Allele
    DRB1*04:07:01G
Phase
    DRB1*04:08:01
Alleles detected
DRB1*01:01:01G
DRB1*01:17
DRB1*04:08:01
DRB1*04:07:01G
Gap location:
97    208
Non-polymorphic gap:
111 bp
HLA data quality profile:
10xcov%    100    20xcov%    100    30xcov%    97    50xcov%    89
------------------------------------------------------------------
HLA allele frequency
Four populations in Europe China Japan Africa are shown
By allele frequency net database (www.allelefrequencies.net)
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[Allele]    [EUR]    [CHN]    [JPN]    [AFR]
DRB1*01:01    0.0860    0.0230    0.0582    0.0130
DRB1*04:07    0.0112    0.0030    0.0057    0.0030
DRB1*04:08    0.0039    0.0020    0.0000    0.0000
DRB1*01:17    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000

HLAreporter目前只支持對以下11個基因的分型

1. HLA_A

2. HLA_B

3. HLA_C

4. HLA_DRB1

5. HLA_DRB2

6. HLA_DRB3

7. HLA_DRB4

8. HLA_DRB5

9. HLA_DQB1

10. HLA_DPB1

11. HLA_DQA1

以上是“HLAreporter軟件有什么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！