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這篇文章將為大家詳細講解有關SMART數據庫有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。
SMART是蛋白結構域的數據庫，該數據庫最新版本為v8,收錄了1300多個蛋白結構域信息，覆蓋了來自uniprot, ensembl等多個數據庫的蛋白。官網如下
http://smart.embl-heidelberg.de/
該數據庫有以下兩種模式
normal
genomic
normal模式下包含了所有uniprot, ensembl的蛋白質信息，這些蛋白序列是存在冗余的，genomic模式下只包含了擁有完整蛋白質組的物種的信息。
兩種模式可以通過SETUP菜單進行切換，通過顏色可以辨別所處的模式，示意如下
通過右上角的Search SMART按鈕，可以檢索該數據庫，支持以下蛋白名稱和domain兩種檢索方式。
輸入uniprot或者ensembl 數據庫中的蛋白ID進行檢索，示例如下，根據uniprot數據庫中的蛋白IDC1S_HUMAN進行檢索
http://smart.embl-heidelberg.de/smart/show_motifs.pl?ID=C1S_HUMAN
檢索頁面包含如下結果
從圖中，可以看出，該蛋白質包括以下5種domain
CUB
EGF_CA
CCP
Tryp_SPc
還提供了每個結構域的位置信息
提供了來自STRING數據庫的蛋白相互作用信息，示意如下
提供了Metabolic pathway 和 Kegg pathway 兩個數據庫的通路注釋信息，示意如下
提供了來自eggNOG數據庫的注釋信息，示意如下
提供了來自PTM數據庫的轉錄后修飾信息，示意如下
按照domain進行檢索，示例如下，根據domian名稱CUB進行檢索。對于每個domain, 采用SM開頭的編號唯一標識，同時提供了和其他數據庫的關聯信息，還支持下載多序列比對的結果。
關于“SMART數據庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，使各位可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，請把它分享出去讓更多的人看到。
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