溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
這篇文章主要介紹了fasta索引文件、序列提取的示例分析，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
fasta是常用的序列存儲格式，很多軟件（如GATK、IGV等）在導入序列以及進行快速查找時通常需要建立索引文件。下面就來介紹如何使用 samtools 便捷的建立fasta文件的索引以及快速進行序列提取。
1 建立索引
建立索引只需在Linux下輸入命令：samtools faidx input.fa
這里序列文件為 input.fa，生成的索引文件以 .fai 結尾。需要注意的是，輸入的fasta文件的每條序列除最后一行外，其余行的長度必須相同，否則會報錯哦！最后生成的.fai文件如下， 共5列，以制表符分隔；
第一列 NAME : 序列的名稱，只保留“>”后，第一個空白之前的內容；
第二列 LENGTH : 序列的長度，單位為bp；
第三列 OFFSET : 第一個堿基的偏移量，從0開始計數，換行符也統計進行；
第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的堿基數， 單位為bp；
第五列 LINEWIDTH : 行寬， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的長度，包括換行符，在windows系統中換行符為\r\n，要在序列長度的基礎上加2。
2 提取序列
除建立索引外，還可以利用samtools方便的提取序列，例如：
samtools faidx input.fa chr2 > chr2.fa，會得到含chr2這條序列的fasta格式的文件，如果是多條序列，只需在文件后羅列需提取的序列ID即可，使用空格分隔，如 samtools faidx input.fa chr1 chr2 chr3 > chr.fa。
再如：samtools faidx input.fa chr2:1-1000 > chr2.fa，能得到chr2序列的第1到第1000個堿基的fasta格式的文件，同樣可以提取多條序列。
samtools 安裝
1. 下載，地址如下：http://www.htslib.org/doc/samtools.html。
2. 安裝，使用命令tar -jxvf samtools-1.6.tar.bz2解壓下載的壓縮包，最后使用make命令就可以了。
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“fasta索引文件、序列提取的示例分析”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
