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如何使用Perl腳本得到反向互補序列

發布時間:2022-02-23 10:59:05 來源:億速云 閱讀:572 作者:小新 欄目:開發技術

這篇文章將為大家詳細講解有關如何使用Perl腳本得到反向互補序列,小編覺得挺實用的,因此分享給大家做個參考,希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

Perl腳本求得反向互補序列函數如下:

sub reverse_complement_IUPAC {
        my $dna = shift;
        # reverse the DNA sequence
        my $revcomp = reverse($dna);
        # complement the reversed DNA sequence
        $revcomp =~ tr/ABCDGHMNRSTUVWXYabcdghmnrstuvwxy/TVGHCDKNYSAABWXRtvghcdknysaabwxr/;
        return $revcomp;
}
sub reverse_complement {
        my $dna = shift;
        # reverse the DNA sequence
        my $revcomp = reverse($dna);
        # complement the reversed DNA sequence
        $revcomp =~ tr/ACGTacgt/TGCAtgca/;
        return $revcomp;
}

用法,以reverse_complement 為例:

$str = &reverse_complement($a);

#$a變量里存放序列字符串,$str為求得的反向互補序列。

關于“如何使用Perl腳本得到反向互補序列”這篇文章就分享到這里了,希望以上內容可以對大家有一定的幫助,使各位可以學到更多知識,如果覺得文章不錯,請把它分享出去讓更多的人看到。

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