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這篇文章主要介紹了怎么利用iTOL在進化樹中用顏色體現樣品分組信息，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
利用標簽的顏色來區分樣品分組，不同顏色代表不同的分組。
要實現上方進化樹圖中對每一個樣品或基因名稱設置不同字體顏色用以分組，需要準備以下配置文件，其結構如下：
TREE_COLORS SEPARATOR TAB DATA 155864 label #6633ff bold 1.5 83334 label #6633ff bold 1.5 217992 label #6633ff bold 1.5 562 label #6633ff bold 1.5 ... 181661 label #6633ff bold 1.5 180835 label #6633ff bold 1.5 382 label #6633ff bold 1.5 29461 label #6633ff bold 1.5
前三行為固定格式，可不用修改，DATA后就是我們要添加的注釋信息了。這里總共分5列信息，每列之間使用Tab制表符分隔（由第二行"SEPARATOR TAB"所設置）：
第一列：進化樹中物種、樣品或基因的名稱；
第二列：設置修改類型為label；
第三列：為每一樣品設置對應顏色；
第四列：標簽的字體，如bold表示使用粗體；
第五列：對標簽字體的大小進行修改（數值越大，字體越大）。
同一分組的我們給設成同一種顏色。這樣就很容易在進化樹中區分不同分組了。
同樣的，也可以利用標簽的背景色區分樣品的分組，不同顏色代表不同的分組。
要實現上方進化樹圖中對每一個樣品或基因名稱設置不同背景顏色用以分組，需要準備以下配置文件，其結構如下：
TREE_COLORS SEPARATOR TAB DATA 155864 range #6633ff test1 83334 range #6633ff test1 217992 range #6633ff test1 ... 181661 range #6633ff test2 180835 range #6633ff test2 382 range #6633ff test2
文件格式與之前的配置文件類似，所不同的是這里只有四列：
第一列：進化樹中物種、樣品或基因的名稱；
第二列：設置修改類型為range（分枝上添加一個color range，即整個分枝添加背景色，但默認只顯示標簽背景色）；
第三列：為每一樣品設置對應的背景顏色；
第四列：設置color range 的標簽，這里用處不大。
此外，還可以對進化樹的枝的顏色進行設置，其 配置文件 如下：
I149 clade #00ccff normal 2 I189 clade #FF0000 normal 2
第一列：進化樹中節點ID。iTOL在導入nwk文件時會為每個節點分配一個Node id，可以點擊進化樹的節點查看
第二列：設置修改類型為clade；
第三列：設置枝的顏色；
第四列：設置線條類型，這里用的實線；
第五列：設置枝的粗細，數值越大，線條越粗。
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“怎么利用iTOL在進化樹中用顏色體現樣品分組信息”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
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