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這篇文章主要介紹如何使用fastp軟件對fastq文件進行剪切,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!
使用fastp軟件對fastq文件進行剪切
fastp是一款較新的數據質控軟件,可以對測序數據進行處理。這里介紹如何對fastq文件進行剪切。
其命令如下:
fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --trim_front1 15 --trim_front2 15 --correction --thread 8
參數:
--in1 read1輸入文件
--out1 read1剪切后輸出文件
--in2 read2輸入文件
--out2 read2剪切后輸出文件
--trim_front1 對read1的頭部剪切
--trim_front2 對read2的頭部剪切
--trim_tail1 對read1的尾部剪切
--trim_tail2 對read2的尾部剪切
--thread 設置線程數
以上是“如何使用fastp軟件對fastq文件進行剪切”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!希望分享的內容對大家有幫助,更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!
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