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如何使用fastp軟件對fastq文件進行剪切

發布時間:2022-02-25 15:19:09 來源:億速云 閱讀:642 作者:小新 欄目:開發技術

這篇文章主要介紹如何使用fastp軟件對fastq文件進行剪切,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!

使用fastp軟件對fastq文件進行剪切

fastp是一款較新的數據質控軟件,可以對測序數據進行處理。這里介紹如何對fastq文件進行剪切。

其命令如下:

fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  --trim_front1  15  --trim_front2 15  --correction --thread 8

參數:

--in1    read1輸入文件

--out1    read1剪切后輸出文件

--in2    read2輸入文件

--out2    read2剪切后輸出文件

--trim_front1    對read1的頭部剪切

--trim_front2    對read2的頭部剪切

--trim_tail1    對read1的尾部剪切

--trim_tail2    對read2的尾部剪切

--thread    設置線程數

以上是“如何使用fastp軟件對fastq文件進行剪切”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!希望分享的內容對大家有幫助,更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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