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利用limma 包進行芯片數據差異分析,需要按照分組信息構建分組矩陣,基于model.matrix函數完成,獲得的分組矩陣結構類似下方顯示結果:
> design A B GSM1626001 1 0 GSM1626002 1 0 GSM1626003 1 0 GSM1626010 0 1 GSM1626011 0 1 GSM1626012 0 1 attr(,"assign") [1] 1 1 attr(,"contrasts") attr(,"contrasts")$`description` [1] "contr.treatment"
其0 1表示有無,可以理解為A組存在GSM1626001 GSM1626002 GSM1626003 三個樣品,B組理解依然,整個矩陣描述了將要比較的兩組樣品情況,之后利用makeContrasts構建差異對比矩陣 以便繼續進行后續分析
Contrasts Levels B - A A -1 B 1
表示開始進行B相對于A組的差異表達分析
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