溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
這篇文章主要介紹“vcftools過濾如何指定缺失率的變異位點”，在日常操作中，相信很多人在vcftools過濾如何指定缺失率的變異位點問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”vcftools過濾如何指定缺失率的變異位點”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！
vcf 文件中很多snp在某些樣品中是缺失的，也就是基因型為 "./." 。如果缺失率較高，這種snp位點在很多分析中是不能用的，需要去掉。這時候就可以使用vcftools進行過濾。用到的選項為--max-missing 。
運行以下命令：
vcftools --vcf snp.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --max-missing 1 > snp.new.vcf
--max-missing 后跟的值為 0-1 ，1代表不允許缺失，0代表允許全部缺失
最后，得到的vcf文件中snp位點都是沒有缺失的。
到此，關于“vcftools過濾如何指定缺失率的變異位點”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續學習更多相關知識，請繼續關注億速云網站，小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章！
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
