如何下載TCGA臨床信息中的用藥信息

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以下載用藥信息為例：

#  加載需要的包
library(SummarizedExperiment)
library(TCGAbiolinks)

###########################################################
# GDC: https://portal.gdc.cancer.gov/
###########################################################

# 設置程序參數
work_dir <- "/Users/zhangqiuxue/Downloads" 

# 設置需要下載癌癥對應的project 和數據類型
project <- "TCGA-GBM"
data_category <- "Clinical"
data_type <- "Clinical Supplement"
legacy <- FALSE
file_type = "xml"

# 設置工作目錄
setwd(work_dir)

# 下載臨床數據的結果
DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project))

# 查詢可以下載的數據
query <- GDCquery(project = project,
                  data.category = data_category,
                  data.type = data_type, 
                  file.type = file_type,
                  legacy = legacy)

# 該癌癥總樣品數量
samplesDown <- getResults(query,cols=c("cases"))
cat("Total Clinical sample to down:", length(samplesDown))

# 下載數據
GDCdownload(query = query,
            directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')

# 用專門的函數去整合下載好的數據
clinical <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "drug",directory = DataDirectory)

# 將數據保存到文件，方便后面的進一步分析
clinical_file <- paste0(DataDirectory, "_","clinical",".txt")
write.csv(clinical, file = clinical_file, row.names = F, quote = F)

其中的關鍵就是設置：

file_type = "xml"

clinical.info = "drug"

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