python如何讀取kegg繪圖配置文件中的kgml文件內容

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kgml

kegg有個kgml文件需要我們讀取里面的內容，分享python代碼如下：

# -*- coding: utf-8 -*- 
'''
'''
import sys, os, argparse, glob, os.path,time
reload(sys)
sys.setdefaultencoding('utf8')
from pyh import *
import numpy as np
import math
import re
import xml.dom.minidom 
from xml.dom.minidom import  parseString, getDOMImplementation
from collections import OrderedDict
import urllib
import shutil
import codecs
import uuid
from PIL import Image
Bin=os.path.split(os.path.realpath(__file__))[0]    
##########################################################################
dom = xml.dom.minidom.parse(sys.argv[1])
root = dom.documentElement
ff=open(sys.argv[2],"w")
if root.nodeName=='pathway':
    for i in root.childNodes:
        if i.nodeType==1:
            if i.nodeName=='entry':
                link=i.getAttribute('link')
                #print link+'\n'
            for g in i.childNodes:
                if g.nodeName=='graphics':
                    type=g.getAttribute('type')
                    x=g.getAttribute('x')
                    y=g.getAttribute('y')
                    width=g.getAttribute('width')
                    height=g.getAttribute('height')
                    #print "%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n"%(type,x,y,width,height)
            ff.write("%s\t(%s)\t%s\n"%(type,x+','+y+","+width+","+height,link))

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