R語言的enrichGSEA_pip.r怎么用

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enrichGSEA_pip.R  GSEA富集分析

使用說明：

$Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r -h
usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGSEA_pip.r [-h] -a all.deg.file -g
                                                   gmtfile [-p pvalueCutoff]
                                                   [-t pvalueCutoff]
                                                   [-n prefix] [-o outdir]
                                                   [-H height] [-W width]
GSEA enrich analysis :https://www.億速云.com/article/1504
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -a all.deg.file, --all.deg.file all.deg.file
                        all diff express gene list file,must include log2FC
                        column, required
  -g gmtfile, --gmtfile gmtfile
                        GSEA gmtfile function class file, required
  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff
                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,
                        [optional, default: 0.1 ]
  -t top, --top top
                        top NES for barplot [optional, default:10 ]
  -n prefix, --prefix prefix
                        the output file prefix [optional, default: GSEA ]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 5]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 5]

參數說明：

-a 輸入差異基因分析所以的結果； 必須含有log2FC這列差異倍數信息，用于GSEA排序；

-g 指定 gmt文件  基因集： 更多GSEA功能富集數據下載：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb

使用舉例：

#更多GSEA功能富集數據下載：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb
wget -c https://data.broadinstitute.org/gsea-msigdb/msigdb/release/7.4/c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt

Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r   --all.deg.file $workdir/04.deg/S1_vs_S2.all.tsv \
  --gmtfile  c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt -o GSEA -n S1_vs_S2_KEGG -p 0.05

到此，關于“R語言的enrichGSEA_pip.r怎么用”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續學習更多相關知識，請繼續關注億速云網站，小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章！