如何用R語言繪制密度圖

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密度圖是直方圖的平滑版本，用于計算并繪制數據的核密度估計，能夠更好的界定分布的形狀。使用geom_density函數可以繪制密度圖。

繪制密度圖

使用數據如下：

set.seed(1234)
df <- data.frame(
  sex=factor(rep(c("F", "M"), each=200)),
  weight=round(c(rnorm(200, mean=55, sd=5),
                 rnorm(200, mean=65, sd=5)))
  )
head(df)
  sex weight
1   F     49
2   F     56
3   F     60
4   F     43
5   F     57
6   F     58

繪制基礎密度圖:

library(ggplot2)
# Basic density
p <- ggplot(df, aes(x=weight)) + 
  geom_density()
p
# Add mean line
p+ geom_vline(aes(xintercept=mean(weight)),
              color="blue", linetype="dashed", size=1)

更改線型和顏色：

# 更改線的顏色和填充
ggplot(df, aes(x=weight))+
  geom_density(color="darkblue", fill="lightblue")
# 更改線型
ggplot(df, aes(x=weight))+
  geom_density(linetype="dashed")

繪制分組密度圖

計算每組平均數：

library(plyr)
mu <- ddply(df, "sex", summarise, grp.mean=mean(weight))
head(mu)
  sex grp.mean
1   F    54.70
2   M    65.36

繪制分組密度圖：

# 更改密度圖線的顏色

# 更改密度圖線的顏色
ggplot(df, aes(x=weight, color=sex)) +
  geom_density()
# 添加平均數線
p<-ggplot(df, aes(x=weight, color=sex)) +
  geom_density()+
  geom_vline(data=mu, aes(xintercept=grp.mean, color=sex),
             linetype="dashed")
p

也可以使用以下功能手動更改密度打印線顏色：

?scale_color_manual()：使用自定義顏色

?scale_color_brewer()：使用RColorBrewer包中的調色板

?scale_color_grey()：使用灰階顏色

# 使用自定義顏色
p+scale_color_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
# 使用RColorBrewer包中的調色板
p+scale_color_brewer(palette="Dark2")
# 使用灰階顏色
p + scale_color_grey() + theme_classic()

更改填充顏色：

# 按組更改密度圖顏色
ggplot(df, aes(x=weight, fill=sex)) +
  geom_density()
# 使用半透明填充
p<-ggplot(df, aes(x=weight, fill=sex)) +
  geom_density(alpha=0.4)
p
# 添加平均數線
p+geom_vline(data=mu, aes(xintercept=grp.mean, color=sex),
             linetype="dashed")

也可以使用以下功能手動更改密度圖填充顏色：

?scale_fill_manual()：使用自定義顏色

?scale_fill_brewer()：使用RColorBrewer包中的調色板

?scale_fill_grey()：使用灰階顏色

# 使用自定義顏色
p+scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
# 使用RColorBrewer包中的調色板
p+scale_fill_brewer(palette="Dark2")
# 使用灰階顏色
p + scale_fill_grey() + theme_classic()

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