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下載NCBI SRA數據的最佳方法是什么，針對這個問題，這篇文章詳細介紹了相對應的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。
ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting.Session Stop (Error: Failed to open TCP connection for SSH)
fasp
protocol. Files stored in these media may not be accessible via
ascp
and have triggered creation of some issues to report the problem.即2019開始，SRA數據庫的數據存儲方式做出了改變，使用ascp來下載數據可能會帶來其他的一些問題。
ascp
(or curl, wget, etc)
is not recommended. The main reason is that they are likely to only retrieve a portion of the data required. 
下載安裝SRA Toolkit：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
下載二進制（binaries）版本，下載下來即可使用，不需要編譯安裝。
解壓后加入環境變量。
使用 prefect 下載數據：
方法一：
直接指定Run編號進行下載，如：SRR1482462
prefetch SRR1482462
方法二：
批量下載一個Project的所有Run/Sample :
先進入其中一個run的頁面，點擊“All run”
然后點擊“Accession List”，會下載一個名為“SRR_Acc_List.txt”的文件，這個文件里面有所有run的編號。
使用如下命令批量下載 (放入后臺不中斷下載：nohup cmd &)：
nohup prefetch -O . $(<SRR_Acc_List.txt) &
Note:
1. aspera 在下載其他數據庫（如EBI）的數據時，仍然是十分不錯的工具
2. 下載完之后，可以用如下命令批量解壓：
for f in *.sradonohup fastq-dump --split-3 $f &done
關于下載NCBI SRA數據的最佳方法是什么問題的解答就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關注億速云行業資訊頻道了解更多相關知識。
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