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NAR發布全新噬菌體捕獲工具Prophage Hunter怎么用，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細講解，有這方面需求的人可以來學習下，希望你能有所收獲。
"NAR.
Prophage Hunter
5月22日，來自深圳華大生命科學研究院和國家基因庫的研究人員在國際著名期刊《Nucleic Acids Research》上發布了一個全新的噬菌體捕獲工具：Prophage Hunter。
Prophage Hunter提供了一種從細菌基因組提取原噬菌體基因組的一站式web服務，可用于評估噬菌體的活性、鑒定親緣關系近的噬菌體、并注釋噬菌體的蛋白功能。
與超過19.9萬個細菌基因組相比，截至2019年4月26日，NCBI基因組中只有不到1.1萬個噬菌體基因組。傳統噬菌體信息主要來源于從自然界中分離的噬菌體，這樣的獲取方式不僅存在隨機性，而且由于一些細菌生長條件的特殊性限制，部分噬菌體信息難以獲取，而NGS技術的發展有助于解決以上問題。
目前有幾種工具可以從細菌NGS數據中預測噬菌體序列，包括MARVEL、VirFinder、PHASTER、MetaPhinder、VirSorter、PhiSpy。其中只有PHASTER預測了原噬菌體區域的完整性，但也只是簡單的將核酸、總基因、必需基因和噬菌體類似基因的數量的分數相加，忽略了原噬菌體在細菌細胞內可能經歷的突變事件。此外，所有基于數據庫的預測工具均只識別與其數據庫記錄類似度最高的噬菌體。
Prophage Hunter整合了基于序列相似性的比對以及基于遺傳特征的機器學習分類，旨在對原噬菌體是否具備活性進行打分。同時，Prophage Hunter用戶可選跳過基于序列相似性的比對，這樣就增加了發現新噬菌體的概率。Prophage Hunter仍然如文中所述在幾個方面存在改善空間，但目前在預測活性噬菌體方面比現有工具具備更高精度。
應用
運用Prophage Hunter，我們可以充分利用不斷增長的細菌NGS數據來挖掘原噬菌體信息。預測原噬菌體是否具備活性有助于研究細菌和噬菌體共進化、噬菌體生理特性、尋找包括新型CRISPR系統在內的細菌防御系統、定制合成噬菌體用于治療疾病等。Prophage Hunter希望可以吸引來自基因組學、微生物學、合成生物學和其他相關領域的廣泛用戶，并促進這些領域的研究。
本次研究中Prophage Hunter臨床案例研究中分離得到的K. pneumoniae KP6512、A. baumannii AB8929和原噬菌體序列均保存在了國家基因庫生命大數據平臺（CNGBdb），項目編號：CNP0000380 。
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