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DisGeNet是什么

發布時間:2021-12-18 15:01:53 來源:億速云 閱讀:392 作者:iii 欄目:大數據

本篇內容介紹了“DisGeNet是什么”的有關知識,在實際案例的操作過程中,不少人都會遇到這樣的困境,接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧!希望大家仔細閱讀,能夠學有所成!

DisGeNet是一個專門收錄人類疾病相關的基因與突變位點信息的數據庫

該數據庫中的信息來源于以下4個部分

  1. expert curated repositories

  2. GWAS catalogues

  3. animal models

  4. scientific literature

通過整合已有的基因或者突變與疾病關聯的數據庫,比如ClinVar, GWASDB等, 同時通過機器學習的方法從文獻中獲取對應的關聯信息,最終構建出一個統一的基因/突變位點與基因相關聯的數據庫。在該數據庫中,核心信息為以下兩種

  1. gene-disease associations(GDAs)

  2. variant-disease associations(VDAs)


通過Browser菜單,可以查看該數據庫中的信息,包含以下幾種

1. Diseases

這部分展示疾病或表型的信息,展示了疾病名稱,MeSh給出的疾病類別,Disease Ontology給出的疾病類別,HPO給出的表型分類,關聯的基因和突變位點個數等信息,示意如下

DisGeNet是什么

2. Genes

這部分展示基因的信息,展示了基因名稱,對應的蛋白分類,關聯的SNP位點個數,關聯的疾病個數等信息,示意如下

DisGeNet是什么

3.  Variants

這部分展示了突變位點的信息,展示了突變位點對應的基因,Allels和對應的頻率, 關聯的疾病個數等信息,示意如下

DisGeNet是什么

4. Summary of GDAs

這部分展示了基因與疾病的關聯信息,示意如下

DisGeNet是什么

5. Evidences for GDAs

這部分展示了基因和疾病關聯對應的文獻信息,示意如下

DisGeNet是什么

6. Summary of VDAs

這部分展示了突變位點與疾病的關聯信息,示意如下

DisGeNet是什么

7. Evidence for VDAs

這部分展示了突變位點和疾病關聯對應的文獻信息,示意如下

DisGeNet是什么

該數據的信息是免費下載的,為了方便獲取數據,還提供了下游的各種工具,比如cytoscape APP, R包, API等,如下圖所示

DisGeNet是什么

通過DisGeNet數據庫,可以方便的獲取到與疾病相關聯的基因或者突變位點的信息。

“DisGeNet是什么”的內容就介紹到這里了,感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站,小編將為大家輸出更多高質量的實用文章!

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