Chip-seq的示例分析

今天就跟大家聊聊有關Chip-seq的示例分析，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結了以下內容，希望大家根據這篇文章可以有所收獲。

染色質免疫共沉定技術，可以研究生物體內DNA與蛋白質的相互作用，首先在活細胞內固定DNA與蛋白結合的復合體，然后用蛋白特異性的抗體，通過抗原抗體特異性結合的免疫學手段捕獲該復合體，然后洗脫蛋白質，得到與目的蛋白結合的DNA片段，將富集到的DNA片段進行上機測序，即形成了一套成熟的分析流程，稱之為chip-seq, 就是將傳統的chip技術和高通量測序結合起來，對應的英文如下

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing

Chip-seq技術依托于測序技術的高通量和生信分析的發展，可以在全基因組范圍內分析DNA與蛋白質的相互作用，目前常用于研究轉錄因子，各種組蛋白修飾在基因組上的結合位點，和依托芯片的Chip-chip技術相比，chip-seq實驗周期更短，更加高效，覆蓋的基因組范圍也更加廣泛。隨著測序價格的降低，chip-seq成為研究基因調控，表觀修飾的利器之一。

實驗流程如下所示

在整個實驗流程中，核心的地方就是根據研究對象選取特異性的抗體，抗體的特異性和敏感性越高，對應DNA序列的富集效果越好，越容易檢測出結合的區域。

對于chip-seq的數據分析，核心是檢測富集到的DNA在基因組上的位置稱之為peak, 分析的示意圖如下

理論上來講，富集到的DNA在基因組上的測序深度會相對較高，通過分析基因組上的測序深度的分布，就可以找到這些區域。實際建庫中由于片段分布的不均一，會存在某些非特異性結合位點也出現類似的峰型，這就是需要通過設定對照樣本，再借助成熟的生信分析軟件來找到真實的蛋白結合位點，查找DNA結合位點的步驟稱之為peak  calling。

peak calling完成之后，需要對peak進行注釋，有兩種注釋內容，第一種是分析peak位于哪些功能區域，比如啟動子區，外顯子區，內含子區等，最典型的對于轉錄因子，通常都是位于基因的啟動子區；第二種注釋是鄰近的基因的注釋，蛋白結合到DNA上之后，主要是發揮基因表達調控的功能，這些peak區域的鄰近基因就作為其候選的調控基因。

同時還可以對這些peak區域進行motif分析，鑒別蛋白結合的保守位點。

當然也可以結合不同的實驗條件，分析case/control組間DNA結合能力的差異，從而分析實驗條件對蛋白結合能力的影響。

看完上述內容，你們對Chip-seq的示例分析有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關內容，請關注億速云行業資訊頻道，感謝大家的支持。