人類lncRNA數據庫LNCipedia如何理解

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lncRNA全稱為long non-coding RNA, 長鏈非編碼RNA, 指的是長度在200nt以上的非編碼RNA。 lncRNA在細胞周期調控， 細胞分化調控，疾病的發生與發展等多種生命活動中發揮著重要作用，是研究的熱點之一。

不像起步很早的miRNA, lncRNA在最近十幾年年才逐漸興起，目前的現狀是數據庫很多，不同數據庫對于lncRNA的命名方式不統一，這種混亂的命名模式，增加了研究的難度。

LNCipedia是一個綜合性的人類lncRNA數據庫，整合了多個數據庫中，多篇文章中的lncRNA記錄，并賦予了它們統一的ID, 網址如下

https://lncipedia.org/

該數據庫中的lncRNA信息來源于以下幾個數據庫

1. LncRNAdb

2. Broad Institute

3. Ensembl

4. Gencode

5. Refseq

6. NONCODE

7. FANTOM

   
   

同時也包含了Nielsen, Hangauer等多篇文獻中發現的lncRNA信息。

對于多種來源的lncRNA, 去冗余之后賦予一個統一的ID, 對于那些已經擁有了gene symbol的lncRNA, 仍然采用gene  symbol, 如果沒有的話，按照最近的蛋白編碼基因來命名，比如lnc-MYCN-1, 代表一個在MYCN基因附近的lncRNA, 如果多個lncRNA使用了同一個參照的蛋白編碼基因，則用數字后綴來區分不同的lncRNA基因。

對于lncRNA，根據以下原則進行了分類：

1. 對于那些與蛋白編碼基因所在鏈相同，而且存在overlap的lncRNA, 如果與所有的exon都沒有overlap, 就歸類為intronic, 否則歸類為sense overlapping；

2. 對于那些與蛋白編碼基因的反向互補區間存在overlap的lncRNA, 歸類為antisense;

3. 對于那些與任何蛋白編碼基因都沒有交集的lncRNA, 如果在轉錄起始位點上游1000bp范圍內存在白編碼基因的轉錄起始位點，則歸類為bidirectional,  否則歸類為intergenic;

   
   

同時還采用了不同軟件，對蛋白編碼潛能進行了評估，軟件列表如下

1. CPC

2. HMMER

3. PRIDE

4. PhyloCSF

5. CPAT

6. Ribosome-profiling

   
   

我們可以直接從網站上下載lncRNA對應的fasta,gtf, bed文件，提供了hg19和hg38兩種版本，示意如下

通過首頁的Search按鈕，可以進行檢索，以LINC01725：47為例，結果如下

1. 基本信息

這部分結果包含了lncRNA基因ID, 轉錄本iD, 染色體位置，類別，長度等信息，示意如下

2. 序列信息

3. 蛋白編碼潛能

給出了不同軟件預測的蛋白編碼潛能的結果，示意如下

4. lncRNA保守性

通過lncRNA鄰近的蛋白編碼基因在不同物種間的保守性，來分析對應的lncRNA的保守性，如果一個lncRNA的參照蛋白編碼基因在其他物種中有同源，則認為對應的lncRNA在其他物種中也應該存在，結果示意如下

該網站還提供了API服務， 通過基因id或者轉錄本id來獲取對應的信息，示意如下

https://lncipedia.org/api/transcript/HOTAIR:1
https://lncipedia.org/api/gene/HOTAIR

通過這種綜合性的數據庫，可以避免不同數據庫中命名方式不同帶來的不便。

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