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如何理解mirbase數據庫,相信很多沒有經驗的人對此束手無策,為此本文總結了問題出現的原因和解決方法,通過這篇文章希望你能解決這個問題。
miRbase 是由曼徹斯特大學的研究人員開發的一個在線的miRNA數據庫,該數據庫中收錄了來自200多個物種,接近4萬個miRNA的信息,是最全面的miRNA數據庫,網址如下
http://www.mirbase.org/index.shtml
我們可以方便的檢索和瀏覽該數據庫中的信息,以human為例, 在Browse
菜單中,可以檢索到hman的所有miRNA前體,示意如下
ID
代表miRNA前體的名字, Accesion
代表miRNA 前體的編號;RPM
為Reads perl million mapped的縮寫,代表miRNA前體的表達量;Chromosome
, start,
end,
strand表示miRNA前體所在的染色體位置信息,
Confidence`表示可信度。
以hsa-let-7a-1
為例, 點擊該鏈接可以查看詳細信息,在詳情頁面,可以得到這個miRNA前體對應的基因,序列,莖環結構等信息
還可以看到這個miRNA前體產生的的兩條成熟的miRNA序列和對應的靶標數據庫,示意如下
miRNA靶標注釋可以分成以下兩大類
實驗驗證的靶標結果,對應的數據庫如下
MIRTARBASE
TARBASE
軟件預測的結果, 對應的數據庫如下
DIANA-MICROT
MICRORNA.ORG
MIRDB
RNA22-HSA
TARGETMINER
該數據庫是免費下載的,ftp地址如下
ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/
mirbase數據庫還可以為新發現的miRNA指定名稱,首選在線提交你的novel micoRNA 的序列,格式如下
然后會以郵件的形式,給你的新的miRNA 進行命名, 格式遵循miRNA命名的統一規范。
看完上述內容,你們掌握如何理解mirbase數據庫的方法了嗎?如果還想學到更多技能或想了解更多相關內容,歡迎關注億速云行業資訊頻道,感謝各位的閱讀!
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