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融合基因數據庫有哪些

發布時間:2022-01-17 10:02:39 來源:億速云 閱讀:177 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章主要為大家展示了“融合基因數據庫有哪些”,內容簡而易懂,條理清晰,希望能夠幫助大家解決疑惑,下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“融合基因數據庫有哪些”這篇文章吧。

1. TICdb

TICdb數據庫中收錄了腫瘤相關的融合基因信息,網址如下

http://www.unav.es/genetica/TICdb/

融合基因數據庫有哪些

該數據庫中的每個融合基因都是有文獻支持的,會給出對應的pubmed編號。

2. TCGA  tumor fusion

TCGA數據庫收錄了很多腫瘤相關的測序數據和分析結果,通過PRADA這款軟件對TCGA中腫瘤的RNA-seq數據進行分析, 過濾和整理,就得到了一個可行度較高的融合基因列表,網址如下

http://www.tumorfusions.org/

融合基因數據庫有哪些

由于是利用腫瘤樣本進行的分析,所以每個融合基因都提供了對應的腫瘤信息。

3. COSMIC Fusion

在COSMIC數據庫中,提供了一個人工整理的,有文獻支持的融合基因列表,網址如下

https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/fusion

對于每個融合基因,都會給出對應的文獻和相關的組織類型,示意如下

融合基因數據庫有哪些

4. ChimerDB

ChimerDB是一個綜合性的融合基因數據庫,即收錄了有文獻支持的融合基因,也包括了軟件預測的融合基因,網址如下

http://203.255.191.229:8080/chimerdbv31/mindex.cdb

該數據庫分成了3個子數據庫,CHimerKB中包含的是來源于其他數據庫,有文獻證據支持的融合基因;ChimerPub是利用機器學習的算法從文章中檢索預測的融合基因;ChimerSeq是利用TCGA的RNA-seq數據,用軟件預測到的融合基因,示意如下

融合基因數據庫有哪些

在現階段的研究中,融合基因通常是作為疾病的特異性標記。該數據庫免費下載,而且提供融合基因對應的疾病信息的注釋。


以上是“融合基因數據庫有哪些”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!相信大家都有了一定的了解,希望分享的內容對大家有所幫助,如果還想學習更多知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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