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MethyCancer數據庫怎么用

發布時間:2022-01-15 17:44:46 來源:億速云 閱讀:302 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章主要為大家展示了“MethyCancer數據庫怎么用”,內容簡而易懂,條理清晰,希望能夠幫助大家解決疑惑,下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“MethyCancer數據庫怎么用”這篇文章吧。

癌癥作為人類健康的頭號殺手,引起了科研工作者的官方關注。鑒于DNA甲基化修飾在腫瘤中的重要作用, MethyCancer數據庫整合了DNA甲基化數據和基因表達譜數據,將癌癥與相關的基因聯系起來,

網址如下

http://methycancer.psych.ac.cn/

在數據庫的首頁,有人類染色體的標示圖,可以快速的查看每條染色體上相關的數據概況。

MethyCancer數據庫怎么用

MethyCancer中的甲基化數據共有5個來源:

  1. HEP

  2. MethDB

  3. UHN

  4. Columbia University

  5. BIG

對于這5個不同來源的數據,劃分成了7種不同的類型

  1. Methylation region

  2. Methylation content

  3. Methylation pattern

  4. Methylation profile

  5. CpG Island I

  6. CpG Island II

  7. CpG Island III

具體的定義可以查看官網的詳細說明。通過這個數據庫,我們可以方便的檢索到癌癥相關的基因。

MethyCancer數據庫怎么用

設置好檢索條件之后,點擊search 按鈕,就可以看到如下結果:

MethyCancer數據庫怎么用

點擊對應的Cancer Name, 可以看到所有和該癌癥相關的基因,比如Overview of breast tumors相關的基因,這些基因就可以作為該癌癥研究對應的panel

MethyCancer數據庫怎么用

在該數據庫中,還提供了一個CpG島的預測工具

MethyCancer數據庫怎么用

輸入一段fasta序列,然后定義好其他的幾個閾值,提交就可以了。

最重要的一點,這個數據庫是可以免費下載。

MethyCancer數據庫怎么用

以上是“MethyCancer數據庫怎么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!相信大家都有了一定的了解,希望分享的內容對大家有所幫助,如果還想學習更多知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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