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本篇文章為大家展示了R語言ggplot2兩個離散變量畫熱圖分別是怎樣的，內容簡明扼要并且容易理解，絕對能使你眼前一亮，通過這篇文章的詳細介紹希望你能有所收獲。
數據集的部分截圖，總共是81行，52列，行是物種，列是地點，數值代表物種豐度
數據集下載鏈接 http://userweb.eng.gla.ac.uk/umer.ijaz/bioinformatics/ecological/SPE_pitlatrine.csv
abund_table<-read.csv("pitlatrines/SPE_pitlatrine.csv",row.names=1,check.names=FALSE)
這里的參數
row.names=1指定第一列作為數據集的行名check.names 參數我平時很少用，，查了一下幫助文檔，作用是檢查每列的名字是否符合規范
比如如下數據集
分別設置 check.names參數為T和F大家可以看下效果
abund_table<-t(abund_table)
# Convert to relative frequencies
abund_table <- abund_table/rowSums(abund_table)
library(reshape2)
df<-melt(abund_table)
head(df)
colnames(df)<-c("Samples","Species","Value")
library(plyr)
library(scales)
# We are going to apply transformation to our data to make it
# easier on eyes
#df<-ddply(df,.(Samples),transform,rescale=scale(Value))
df<-ddply(df,.(Samples),transform,rescale=sqrt(Value))
library(ggplot2)
p <- ggplot(df, aes(Species, Samples)) +
geom_tile(aes(fill = rescale),colour = "white") +
scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")+
scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) +
scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + theme(legend.position = "none",axis.ticks = element_blank(),axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1,size=5),axis.text.y = element_text(size=5))
p
上述內容就是R語言ggplot2兩個離散變量畫熱圖分別是怎樣的，你們學到知識或技能了嗎？如果還想學到更多技能或者豐富自己的知識儲備，歡迎關注億速云行業資訊頻道。
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