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BLAST中的blastn怎么使用

小億
425
2023-08-03 15:24:21
欄目: 編程語言

要使用blastn命令在BLAST中執行比對任務,您需要按照以下步驟操作:

  1. 打開終端或命令提示符窗口。

  2. 使用以下命令格式運行blastn:

blastn -query <查詢序列文件> -db <數據庫名稱> -out <輸出文件名> -outfmt <輸出格式>

其中,<查詢序列文件>是您希望進行比對的DNA序列文件的路徑和名稱,<數據庫名稱>是您想要用于比對的BLAST數據庫的名稱,<輸出文件名>是輸出結果文件的路徑和名稱,<輸出格式>是您希望獲得的結果格式代碼。

例如,要比對一個名為query.fasta的序列文件與名為database的BLAST數據庫,并將結果保存到output.txt文件中,可以使用以下命令:

blastn -query query.fasta -db database -out output.txt -outfmt 6

在這個例子中,-outfmt 6選項指定結果格式為tabular格式,以便將結果保存到文本文件中。

  1. 運行命令后,BLAST將開始比對任務,并在完成后將結果保存到指定的輸出文件中。

請注意,您需要在計算機上安裝BLAST軟件包,并且已經構建了所需的BLAST數據庫,以便能夠使用blastn命令。

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