使用JGit可以在Java中克隆倉庫的方法如下：

首先，需要將JGit添加到項目的依賴中。可以通過Maven或者Gradle來添加JGit的依賴。

Maven依賴：

<dependency>
    <groupId>org.eclipse.jgit</groupId>
    <artifactId>org.eclipse.jgit</artifactId>
    <version>5.9.0.202009080501-r</version>
</dependency>

Gradle依賴：

implementation 'org.eclipse.jgit:org.eclipse.jgit:5.9.0.202009080501-r'

然后，可以使用以下代碼來克隆倉庫：

import org.eclipse.jgit.api.Git;
import org.eclipse.jgit.api.errors.GitAPIException;
import org.eclipse.jgit.transport.UsernamePasswordCredentialsProvider;

import java.io.File;

public class GitCloneExample {

    public static void main(String[] args) {
        String remoteUrl = "https://github.com/username/repository.git";
        String localPath = "/path/to/local/repository";

        try {
            Git.cloneRepository()
                    .setURI(remoteUrl)
                    .setDirectory(new File(localPath))
                    .setCredentialsProvider(new UsernamePasswordCredentialsProvider("username", "password"))
                    .call();
            System.out.println("Repository cloned successfully");
        } catch (GitAPIException e) {
            System.out.println("Failed to clone repository: " + e.getMessage());
        }
    }
}

在上面的代碼中，將遠程倉庫的URL和本地路徑設置為需要克隆的倉庫的URL和在本地存儲的路徑。然后，使用Git.cloneRepository()方法進行克隆，并通過setCredentialsProvider()方法設置用戶名和密碼。最后，調用call()方法來執行克隆操作。

需要注意的是，克隆倉庫時可能需要提供身份驗證信息，可以使用setCredentialsProvider()方法來設置用戶名和密碼，或者使用其他身份驗證方式。