blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx是NCBI提供的一系列用于序列比對的工具,主要用于在數據庫中搜索相似序列。它們之間的區別和用法如下:
blastn:用于比對核酸序列(DNA或RNA)與數據庫中的核酸序列。輸入為核酸序列,輸出為相似度高的核酸序列。
blastp:用于比對蛋白質序列與數據庫中的蛋白質序列。輸入為蛋白質序列,輸出為相似度高的蛋白質序列。
blastx:用于比對核酸序列與數據庫中的蛋白質序列。輸入為核酸序列,輸出為相似度高的蛋白質序列。blastx是通過將核酸序列進行六種可能的翻譯(三種正向翻譯和三種反向翻譯)后,與蛋白質序列進行比對。
tblastn:用于比對蛋白質序列與數據庫中的核酸序列。輸入為蛋白質序列,輸出為相似度高的核酸序列。tblastn是通過將蛋白質序列與數據庫中的核酸序列進行比對。
tblastx:用于比對核酸序列與數據庫中的核酸序列。輸入為核酸序列,輸出為相似度高的核酸序列。tblastx是通過將核酸序列進行六種可能的翻譯(三種正向翻譯和三種反向翻譯)后,與數據庫中的核酸序列進行比對。
使用這些工具時,通常需要指定輸入序列文件和數據庫文件,可以選擇一些參數來優化比對結果。比對結果通常包括相似度得分、比對長度、E值等信息。根據具體的需求和研究目的,選擇合適的比對工具和參數。