要設置NGINX的網站運行目錄，你需要進行以下步驟：
1. 打開NGINX的配置文件。默認情況下，該文件位于 `/etc/nginx/nginx.conf`。
2. 在配置文件中找到 `server` 塊，該塊對應著一個虛擬主機的配置。如果你只有一個網站，那么可能只有一個 `server` 塊。
3. 在 `server` 塊內，找到 `root` 指令，并將其值設置為你想要的網站運行目錄的路徑。例如，如果你想將網站文件放在 `/var/www/example.com` 目錄下，可以將 `root` 設置為 `root /var/www/example.com;`。
4. 保存并關閉配置文件。然后重新加載NGINX配置，以使更改生效。可以使用以下命令重新加載配置：`sudo systemctl reload nginx`。
5. 確保你的網站文件存在于所設置的目錄中，并且具有正確的權限。
完成上述步驟后，你的網站將使用所設置的目錄作為其運行目錄。
