SQL服務器的狹隘的、保守的存儲引擎，而MySQL服務器的開放的、可擴展的存儲引擎；MySQL并不完全支持陌生的關鍵詞，比SQL服務器少一些相關的數據庫。同時，MySQL也缺乏某些存儲程序的功能，如MyISAM引擎聯支持交換的功能。
2.性能方面
mysql數據庫與磁盤非常地兼容且不占用過多的CPU和內存，MySQL可以運行于Windows系統而不會發生沖突，在UNIX或類似UNIX系統上運行則更好；而SQL服務器的穩定性要比MySQL好，但是也必須增加額外復雜操作，磁盤存儲，內存損耗等等。
3.安全方面
MySQL有一個用于改變數據的二進制日志，這一日志能夠快速地從主機上復制數據到客戶機上，即使服務器崩潰，這一二進制日志也會保持完整，而且復制的部分也不會受到損壞； 在SQL服務器中，也可以記錄SQL的有關查詢，但這需要付出很高的代價。
