IsoSeq3怎么安裝

今天小編給大家分享一下IsoSeq3怎么安裝的相關知識點，內容詳細，邏輯清晰，相信大部分人都還太了解這方面的知識，所以分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲，下面我們一起來了解一下吧。

參考官方的安裝說明，采用Anaconda 進行安裝，步驟如下：

1 下載最新版本的Anaconda  
2  參考安裝說明，安裝Anaconda。并將Anaconda的bin目錄加入到系統PATH環境變量  
3 測試conda是否安裝成功，并更新到最新版本

conda -V   
conda update conda

4  創建一個虛擬環境,命名為anaCogent5.2(這個名字可以自己定義），采用python 2.7版本

conda create -n anaCogent5.2 python=2.7 anaconda
source activate anaCogent5.2

5 配置國內鏡像，加快軟件安裝速度  
有時候，安裝這些包的速度比較慢，還可能中斷，主要原因是Anaconda的服務器在國外。可以換成國內的鏡像，加快下載速度。目前清華大學那邊提供了鏡像，其配置方法如下：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

6 安裝依賴包biopython  bx-python

conda install -n anaCogent5.2 biopython
conda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-python

7 安裝iso-Seq3 和 LIMA

conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda isoseq3
conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda bamtools  
conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda pysam

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