GFF與GTF格式怎么轉換

這篇“GFF與GTF格式怎么轉換”文章的知識點大部分人都不太理解，所以小編給大家總結了以下內容，內容詳細，步驟清晰，具有一定的借鑒價值，希望大家閱讀完這篇文章能有所收獲，下面我們一起來看看這篇“GFF與GTF格式怎么轉換”文章吧。

GFF主要是用來注釋基因組，格式如下：

J15     glean   gene    25308430        25309140        .       +       .       ID=Gglean067903; status=novel;
J15     glean   mRNA    25308430        25309140        0.976879        +       .       ID=Gglean067903-TA; Parent=Gglean067903; status=novel;
J15     glean   CDS     25308430        25308501        .       +       0       Parent=Gglean067903-TA;
J15     glean   CDS     25308646        25309140        .       +       0       Parent=Gglean067903-TA;
J15     glean   gene    126763  129003  .       +       .       ID=Gglean075841; status=novel;
J15     glean   mRNA    126763  129003  1       +       .       ID=Gglean075841-TA; Parent=Gglean075841; status=novel;
J15     glean   CDS     126763  126973  .       +       0       Parent=Gglean075841-TA;
J15     glean   CDS     127285  127628  .       +       2       Parent=Gglean075841-TA;
J15     glean   CDS     127719  127854  .       +       0       Parent=Gglean075841-TA;
J15     glean   CDS     128049  128185  .       +       2       Parent=Gglean075841-TA;

而GTF主要是用來對基因進行注釋，格式如下：

J01     glean   CDS     6976    7317    .       +       0       transcript_id "Gglean025939-TA"; gene_id "Gglean025939";
J01     glean   CDS     7912    8162    .       +       0       transcript_id "Gglean025939-TA"; gene_id "Gglean025939";
J01     glean   CDS     8245    8413    .       +       1       transcript_id "Gglean025939-TA"; gene_id "Gglean025939";
J01     glean   CDS     8479    8790    .       +       0       transcript_id "Gglean025939-TA"; gene_id "Gglean025939";
J01     glean   CDS     9444    9708    .       -       2       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     9778    9935    .       -       0       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     10012   10216   .       -       2       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     10299   10754   .       -       2       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     10838   10926   .       -       0       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";
J01     glean   CDS     11015   11082   .       -       1       transcript_id "Gglean025954-TA"; gene_id "Gglean025954";

轉換：

Cufflinks里面的工具gffread可以直接實現GFF與GTF的互相轉換。

#gff2gtfgffread my.gff3 -T -o my.gtf#gtf2gffgffread merged.gtf -o- > merged.gff3

以上就是關于“GFF與GTF格式怎么轉換”這篇文章的內容，相信大家都有了一定的了解，希望小編分享的內容對大家有幫助，若想了解更多相關的知識內容，請關注億速云行業資訊頻道。