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Illumina microarray未標準化數據分布的方法

發布時間:2022-03-19 13:44:46 來源:億速云 閱讀:205 作者:iii 欄目:開發技術

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不同于affy包對affymetrix芯片數據分布繪圖,Illumina microarray數據分布是基于lumi包:

boxplot-method

density-method(或者hist)

affy包也可以利用boxplot,不過密度圖利用hist,此處就展示一些lumi包針對Illumina microarray繪圖過程(GSE63229):

基于lumiR.batch獲取LumiBatch對象,直接基于對象畫圖:

> n.sample = length(LumiBatch$sampleID)> cols=rainbow(n.sample)> par(cex = 0.7)> if(n.sample>40) par(cex = 0.5)> boxplot(LumiBatch,col = cols,  las = 2)

密度圖則是(hist同樣效果):

> par(cex = 0.7)> if(n.sample>40) par(cex = 0.5)> density(LumiBatch,col = cols,  las = 2)

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