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aggregate可以對數據分組處理
limma包提供一個函數avereps可以對相同ID的數據取均值,識別的輸入數據可以是matrix,MAList或者EList,后兩者涉及芯片數據標準化過程,此處僅介紹如何針對matrix數據進行處理。
指定數據如下:相同type取均值
> dat type Num1 Num2 1 A 90 89 2 B 34 32 3 C 56 53 4 D 99 95 5 E 15 10 6 A 50 44 7 B 20 13 8 C 24 16 9 D 70 61 10 E 14 4
對數據除type列所有數據,按照type分類ID,取均值,結果:
> avereps(dat[,-1],ID=dat$type) Num1 Num2 A 70.0 66.5 B 27.0 22.5 C 40.0 34.5 D 84.5 78.0 E 14.5 7.0
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