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這篇“雙通道芯片MA和density怎么處理”文章的知識點大部分人都不太理解，所以小編給大家總結了以下內容，內容詳細，步驟清晰，具有一定的借鑒價值，希望大家閱讀完這篇文章能有所收獲，下面我們一起來看看這篇“雙通道芯片MA和density怎么處理”文章吧。
limma包可以對芯片數據進行處理，讀取的原始數據格式的也比較多，包括gpr、txt等，這些文件格式和芯片圖片處理軟件有關。
而經過數據讀取之后，獲得RGList或者EList，前者對應雙色芯片，后者對應單色芯片。
一般雙色芯片RGList需要經過背景校正（backgroundCorrect）、芯片內標準化（normalizeWithinArrays）、芯片間標準化（normalizeBetweenArrays），最終獲得標準化后的MAList。
查看每一步的數據分布情況可以基于limma提供的plotMA繪制MA圖，或者plotDensities查看密度圖
以GSE121505數據為例，正常讀取后獲得RGList，查看array1的MA圖以及密度圖：
plotMA(RGList,array = 1)
plotDensities(RGList[,1])
以及完成所有校正后的MAList
plotMA(MAList,array = 1)
plotDensities(MAList[,1])
注意：由RGList，到完成所有校正過程，中間生成的object，都可以按照此方法查看每一步處理的變化
以上就是關于“雙通道芯片MA和density怎么處理”這篇文章的內容，相信大家都有了一定的了解，希望小編分享的內容對大家有幫助，若想了解更多相關的知識內容，請關注億速云行業資訊頻道。
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