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如何下載miRNA的5p, 3p 表達量

發布時間:2022-03-19 13:55:24 來源:億速云 閱讀:129 作者:iii 欄目:開發技術

這篇文章主要介紹“如何下載miRNA的5p, 3p 表達量”,在日常操作中,相信很多人在如何下載miRNA的5p, 3p 表達量問題上存在疑惑,小編查閱了各式資料,整理出簡單好用的操作方法,希望對大家解答”如何下載miRNA的5p, 3p 表達量”的疑惑有所幫助!接下來,請跟著小編一起來學習吧!

參考如下的代碼:

# 設置下載的參數
project <- "TCGA-CHOL"
data_category <- "Transcriptome Profiling"
data_type <- "Isoform Expression Quantification"
workflow_type <- "BCGSC miRNA Profiling"
legacy <- FALSE

# 查詢可以下載的數據,有時候查詢的API不穩定,需要多試幾次
query <- GDCquery(project = project,
                  data.category = data_category,
                  data.type = data_type, 
                  legacy = legacy)

# 下載數據
GDCdownload(query = query,method='client')

其關鍵是設置data_type 為“Isoform Expression Quantification”, 這樣就是不同isoform 的表達量。

到此,關于“如何下載miRNA的5p, 3p 表達量”的學習就結束了,希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習,快去試試吧!若想繼續學習更多相關知識,請繼續關注億速云網站,小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章!

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