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這篇文章主要講解了“基因別名alias轉換成官方symbol的方法”,文中的講解內容簡單清晰,易于學習與理解,下面請大家跟著小編的思路慢慢深入,一起來研究和學習“基因別名alias轉換成官方symbol的方法”吧!
limma包提供 alias2Symbol 可以將部分物種基因的別名,通過NCBI EntrezID轉換成官方的gene symbol
譬如:以人的 AP2基因為例:
> alias2Symbol(c("AP2"),species = "Hs",expand.symbols = F) [1] "GTF3A"
支持多alias同時轉換。修改數組向量元素即可。
轉換過程將依賴對應的org包,需要提前進行安裝:
Package | Species | |
org.Ag.eg.db | Anopheles | |
org.Bt.eg.db | Bovine | |
org.Ce.eg.db | Worm | |
org.Cf.eg.db | Canine | |
org.Dm.eg.db | Fly | |
org.Dr.eg.db | Zebrafish | |
org.EcK12.eg.db | E coli strain K12 | |
org.EcSakai.eg.db | E coli strain Sakai | |
org.Gg.eg.db | Chicken | |
org.Hs.eg.db | Human | |
org.Mm.eg.db | Mouse | |
org.Mmu.eg.db | Rhesus | |
org.Pt.eg.db | Chimp | |
org.Rn.eg.db | Rat | |
org.Ss.eg.db | Pig | |
org.Xl.eg.db | Xenopus |
感謝各位的閱讀,以上就是“基因別名alias轉換成官方symbol的方法”的內容了,經過本文的學習后,相信大家對基因別名alias轉換成官方symbol的方法這一問題有了更深刻的體會,具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云,小編將為大家推送更多相關知識點的文章,歡迎關注!
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